小智、皮卡丘、长尾怪手终于到达神奥地方。小智在打电话给大木博士的途中遇到了火箭队的突袭而同皮卡丘失散，便与长尾怪手立刻出发寻找皮卡丘的身影；另一方面，新人训练家小光的妈妈彩子曾是顶尖协调训练家，小光亦想成为顶尖协调训练家，于是由双叶镇出发展开路程。在其后，小智的同伴小刚归队，二人邂逅了小光。自此，三人一同结伴旅行。
几经辛苦，小光终于集齐5枚缎带徽章，她在神奥华丽大型庆典表示出色，首次参加便晋级至决赛，但在决赛以稍微差距败于好友小望；小智亦集齐8枚徽章，他在神奥联盟有好开始，在第1回战打败尚志，第2回战
